Ada suatu kegagalan pemahaman dan kegagalan harmonisasi dari fungsi dan tugas Direktorat Jenderal Perhubungan Darat dengan fungsi dan tugas Direktorat Jenderal Perhubungan Laut sebagaimana diatur dalam Peraturan Presiden Nomor 40 Tahun 2015 Tentang Kementerian Perhubungan, di kaitkan dengan beberapa difinisi yang diatur dalam Undang-Undang Nomor 17 Tahun 2008 Tentang Pelayaran; jelas bahwa Direktorat Jenderal Perhubungan Darat Kementerian Perhubungan tidak mampu menterjemahkan dan menafsirkan apa tugas dan fungsi Direktorat Transpotrasi Sungai, Danau dan Penyeberangan Direktorat Jenderal Perhubungan Darat, termasuk tugas dan fungsi dari setiap Sub Direktorat yang ada, yang tertuang dalam Peraturan Menteri Perhubungan Nomor 122 Tahun 2018 tersebut, sehingga terjadi kerancuan penafsiran yang menimbulkan kesengajaan kelalaian dari Direktorat Jenderal Perhubungan Darat mengambil alih tugas dan fungsi Direktorat Jenderal Perhubungan Laut, tanpa melihat dan mempelajari dengan seksama apa makna dan maksud yang terkandung dalam pasal-pasal yang terdapat dalam Peraturan Presiden Nomor 40 Tahun 2015 yang mengatur tugas dan fungsi Direktorat Jenderal Perhubungan Laut.
Ada indikasi yang mengarahkan bahwa atas dasar pengawasan dan pemantauan yang di lakukan Inspektorat Jenderal Kementerian Perhubungan di lapangan, dan menimbang bahwa sebagian besar aparat Balai Pengelola Transportasi Darat Direktorat Jenderal Perhubungan Darat belum siap sepenuhnya menerima pelimpahan kewenangan tersebut, maka Inspektorat Jenderal Kementerian Perhubungan melalui Surat Nomor AL.202/I/3/ITJEN/2021 Tanggal 17 Juni 2021 perihal Pengalihan Tugas dan Tanggung Jawab Fungsi Keselamatan dan Keamanan Pelayaran Kapal Sungai, Danau dan Penyeberangan, lalu memberikan saran kepada Direktur Jenderal Perhubungan Laut dan Direktur Jenderal Perhubungan Darat untuk merevisi surat Direktur Jenderal Perhubungan Laut Nomor AL.202/1/DJPL/2021 Tanggal 31 Mei 2021.
