Kemudian datanglah penjajah Belanda, yang mengaburkan sejarah dakwah Islam di Aceh. Setelah agresi militer Belanda, karena Bangsa Aceh tidak mau bekerja pada Belanda, maka Belanda mendatangkan ribuan orang Cina diantaranya suku bangsa Khek, untuk membantu Belanda membangun proyek-proyek penjajahan.
Ribuan orang Cina tersebut ditempatkan di kamp Cina di Peunayong untuk bekerja membantu Belanda menjajah Aceh. Kuta Peunayong benteng pertahanan Ulama Kesultanan Islam kemudian dihancurkan dan dibangun pemukiman orang Cina
Pusat Arsip Kesultanan Di Ujong Peunayong juga dihancurkan dan dibakar, sehingga banyak sumber sejarah Aceh yang berharga kemudian hilang.
Sekarang Kompleks Makam Syekh Baba Daud Ar Rumi Tgk Chik Di Leupu beserta para muridnya masih ada di ujung Peunayong.
Sementara situs sejarah makam para Raja dan Ulama lainnya kini telah dimusnahkan oleh proyek-proyek pembangunan. Misalnya makam para Raja dan Ulama yg berada dibelakang kantor Imigrasi lama di Peunayong, yang dimusnahkan di proyek Kuliner River Walk Peunayong.
Nasibnya sama seperti situs sejarah makam para Raja dan Ulama yang ditimbun dan dimusnahkan di proyek pembangunan Kantor Dinas PUPR Kota Banda Aceh, dan proyek pembangunan Pasar Al Mahirah Lamdingin, serta proyek-proyek lainnya.
