Sejak Kesultanan Islam Aceh Darussalam dibangun oleh Sultan Johan Syah pada 1 Ramadhan 601 Hijriyah, kawasan Peunayong adalah termasuk kawasan ibukota Kesultanan Aceh Darussalam yang memiliki keistimewaan, karena merupakan salah satu kawasan yang berada langsung dibawah otoritas Sultan Aceh.
Dalam sejarah Kesultanan Aceh Darussalam, kawasan tepi sungai dan seberang sungai Aceh (Krueng Aceh) termasuk Peunayong dikuasai oleh Teuku Panglima Masjid Raya, yang merupakan Panglima Dalam (Istana) Darud Donya.
Di Peunayong, Ulama terkenal Aceh Syeikh Abdurrauf Syiah Kuala memiliki murid yang mahsyur, bernama Baba Dawud Ar Rumi yang sangat alim dan cerdas.
Baba Daud Ar Rumi memiliki Dayah Manyang (Dayah Tinggi) di Peunayong bernama Dayah Leupu. Banyak penuntut ilmu yang belajar ke Dayah Peunayong ini, salah satunya adalah Syeikh Nayan, yang merupakan anak dari Syeikh Fairus Al Baghdadi.
Dalam buku sejarah karangan Ali Hasjmy, Syeikh Fairus Al Baghdadi bersama 7 ulama asal Baghdad datang ke Aceh, kemudian ketujuh ulama besar itu menyebar ke seluruh Aceh.
Syeikh Fairus mendirikan Dayah Tanoh Abee, kemudian putranya Syeikh Nayan dikirim oleh ayahandanya untuk menyempurnakan ilmu di dayah Manyang Leupu di Peunayong, yang dipimpin oleh Baba Dawud Ar Rumi yang bergelar Teungku Chik Di Leupu.
