Untuk mengantisipasi kekuatan Syi’ah semakin besar, Bani Saljuk dibawah menteri Nizhami Muluku membangun madrasah-madrasah Nizhamiyah pada abad 5 hijriyah dan di madrasah Nizhamiyah Imam Al-Ghazali menimba ilmu.
Imam Al-Ghazali sempat juga mengajar di Madrasah Nizhamiyah cabang Baghdad, memperkuat madzhab Ahlussunnah Waljamaah, melawan madzhab Syi’ah.
Begitu juga dengan kelompok muslim lainnya, membangun madrasah-madrasah untuk menyokong kekuasaan sebagaimana yang dilakukan bangsa-bangsa lain pada abad 5 hijriyah tersebut.
Saat itu selain mazhab Syi’ah juga berkembang aliran Bathiniyah. Aliran Bathiniyah awalnya adalah berasal dari faksi politik, selanjutnya berubah menjadi madzhab keagamaan.
Madzhab ini berpandangan bahwa manusia tidak mungkin mencapai hakikat dengan akal. Mereka berpendapat bahwa akal satu orang dengan yang lainnya selalu berbeda, akibatnya akal tidak berfungsi, mereka membutuhkan seorang imam yang makhsum (yang bebas dari dosa).
Imam Makhsum inilah yang mengajar agama dan membimbing mereka melakukan kegiatan yang mendatangkan kebaikan bagi agama dan dunia. Madzhab ini sama sekali mengabaikan peran akal. Madzhab ini ditentang dengan tegas oleh Al-Ghazali dalam kitabnya yang bertajuk Fadha’ih Al-Bathiniyyah.
