Catatan sejarah juga menunjukkan bahwa Syekh Hamzah Al-Fansuri merupakan seorang pengembara ilmu. Dalam sejumlah syairnya, Syekh Hamzah Al-Fansuri menyebut pernah mengunjungi Makkah, Madinah, Baghdad, Persia, India, Siam, hingga Semenanjung Melayu. Perjalanan panjang tersebut mempertemukan Syekh Hamzah Al-Fansuri dengan berbagai tradisi intelektual Islam sehingga memperkaya cara pandangnya dalam memahami tasawuf dan kehidupan. Pengalaman itu pula yang membuat karya-karya Syekh Hamzah Al-Fansuri memiliki cakupan pemikiran yang luas dan mampu menjembatani tradisi keilmuan Timur Tengah dengan budaya Melayu.
Meski demikian, perjalanan intelektual Syekh Hamzah Al-Fansuri tidak terlepas dari kontroversi. Pada masa Syekh Nuruddin Ar-Raniri menjabat sebagai mufti Kesultanan Aceh Darussalam pada abad ke-17, sebagian ajaran tasawuf yang dikembangkan Syekh Hamzah Al-Fansuri dinilai bertentangan dengan pemahaman akidah yang dianut Syekh Nuruddin Ar-Raniri. Perdebatan tersebut menjadi salah satu babak penting dalam sejarah intelektual Islam di Aceh. Sejumlah naskah karya Syekh Hamzah Al-Fansuri bahkan dilaporkan dibakar atas perintah penguasa pada masa itu. Namun, berkat salinan yang tersimpan di berbagai wilayah Nusantara dan mancanegara, karya-karya Syekh Hamzah Al-Fansuri tetap dapat dipelajari hingga sekarang.
