Reklamasi dan budi daya ikan yang ilegal di perairan danau, adalah contoh masalah yang terdapat di 15 danau prioritas nasional.
Selain Danau Singkarak dan Danau Maninjau, danau lainnya yang masuk daftar penyelamatan adalah Danau Toba di Provinsi Sumatera Utara, Danau Kerinci di Provinsi Jambi, Danau Rawa Danau di Provinsi Banten, Danau Rawa Pening di Provinsi Jawa Tengah, dan Danau Batur di Provinsi Bali.
Kemudian Danau Tondano di Provinsi Sulawesi Utara, Danau Kaskade Mahakam (Melintang, Semayang, dan Jempang) di Provinsi Kalimantan Timur, Danau Sentarum di Provinsi Kalimantan Barat, dan Danau Limboto di Provinsi Gorontalo.
Selanjutnya ada Danau Poso di Provinsi Sulawesi Tengah, Danau Tempe di Provinsi Sulawesi Selatan, Danau Matano di Provinsi Sulawesi Selatan, dan Danau Sentani di Provinsi Papua.
Danau-danau tersebut mengalami kerusakan Daerah Tangkapan Air Danau, kerusakan sempadan danau, kerusakan badan air danau, pengurangan volume tampungan danau, pengurangan luas danau, peningkatan sedimentasi, penurunan kualitas air, dan penurunan keanekaragaman hayati yang mengakibatkan masalah ekologi, ekonomi, serta sosial budaya bagi masyarakat.
Dengan adanya upaya penyelamatan Danau Prioritas Nasional, pemerintah berharap danau sebagai kekayaan negara bisa kembali memberi manfaat yang optimal bagi seluruh lapisan masyarakat di sekitarnya. Bukan hanya untuk pihak-pihak tertentu saja.
