Konflik ini akhirnya berakhir melalui pendekatan damai. Pemerintah pusat memberi Aceh status Daerah Istimewa pada tahun 1959, memungkinkan diterapkannya hukum adat dan syariat Islam dalam skala terbatas. Daud Beureueh akhirnya menyerah secara damai pada 1962, menandai berakhirnya babak konflik bersenjata berbasis Islamisme di Aceh.
6. Gerakan Aceh Merdeka (GAM) (1976–2005): Perang Identitas dan Keadilan
Pada 4 Desember 1976, Hasan di Tiro, seorang intelektual Aceh yang pernah berkiprah di luar negeri, mendirikan Gerakan Aceh Merdeka (GAM) di Gunung Halimun, Pidie. Ia menilai bahwa Aceh telah dianeksasi tanpa kehendak rakyatnya, dan bahwa Republik Indonesia telah mengeksploitasi sumber daya alam Aceh tanpa memberi manfaat signifikan kepada rakyatnya.
GAM menuntut kemerdekaan penuh bagi Aceh. Berbeda dengan DI/TII, GAM bukan gerakan keagamaan, melainkan nasionalis Aceh. Mereka menekankan sejarah Kesultanan Aceh yang merdeka sebelum kemerdekaan Indonesia. Konflik ini bersifat militeristik dan berlangsung dalam bayang-bayang pelanggaran HAM.
Pada era 1990-an hingga awal 2000-an, Aceh menjadi daerah operasi militer tertutup. Ribuan nyawa melayang, termasuk masyarakat sipil. Pembunuhan misterius, penghilangan paksa, dan penyiksaan menjadi pemandangan umum. Di sisi lain, GAM juga melakukan penculikan, penyerangan pos polisi, dan perekrutan paksa.
