KPK memandang Kemenkes sebagai salah satu kementerian yang memiliki peran penting dan strategis. Sejumlah kajian sistem telah dilakukan KPK sejak 2013 hingga 2020 sebagai upaya perbaikan dan mengawal kebijakan pemerintah di bidang kesehatan yang menjadi tanggung jawab negara kepada masyarakat.
Beberapa kajian di antaranya adalah Kajian Sistem JKN, Pengelolaan Dana Kapitasi, Tata Kelola Obat dalam Sistem JKN, Tata Kelola Alkes, Dana Jaminan Sosial Kesehatan, hingga Kajian terkait Penanganan Covid-19 yang meliputi Risiko Korupsi Klaim Covid-19, dan Risiko Korupsi Insentif serta Santunan Kematian Tenaga Kesehatan.
Adapun rekomendasi KPK di sektor kesehatan di antaranya pada tahun 2019 KPK merekomendasikan penundaan kenaikan iuran JKN dan perbaikan tata kelola. Selain itu, sosialisasi Permenkes No 16 Tahun 2019 tentang Pencegahan dan Penanganan Kecurangan (Fraud) serta Pengenaan Sanksi Administrasi terhadap Kecurangan (Fraud) dalam Pelaksanaan Program Jaminan Kesehatan.
KPK berharap dengan dilakukannya penguatan antikorupsi kepada jajaran Kemenkes RI melalui program PAKU Integritas dapat menjadi benteng dan bekal dalam menjalankan tugas dengan penuh integritas. Demikian juga dengan peran pasangan masing-masing untuk mendukung terciptanya budaya antikorupsi yang dimulai dari keluarga.
