Dalam daftar Kota-kota dengan nilai terendah, ternyata tiga kota di Aceh masuk dalam kategori Kota yang di nilai paling intoleran, yakni Kota Sabang dengan skor 4,457 disusul Kota Lhokseumawe dengan skor 4,377 dan Kota Banda Aceh dengan skor 4,260. Publikasi ini pun mengundang banyak kontra dari komentar-komentar beberapa netizen yang khusus nya berstatus sebagai orang Aceh.
Para netizen turut mempertanyakan mengapa dan bagaimana bisa tiga kota tersebut masuk ke dalam daftar kota paling intoleran, hal ini dapat kita lihat dengan beberapa komentar-komentar di kolom komentar pada instagram Setara Institute serta di beberapa kolom komentar pada postingan berita dari hasil survey ini di akun berita berita swasta lainnya.
Komentar-komentar tersebut variatif terlihat dari beberapa respon yang mempertanyakan tolak ukur serta parameter dari penilaian survey ini bahkan ada pula yang menceritakan pengalaman mereka selama tinggal di kota-kota tersebut merasa tidak pernah melihat adanya konflik agama.
Beberapa netizen merasa tidak terima dan bingung bagaimana bisa kota yang mereka tinggali selama bertahun-tahun masuk dalam daftar Kota-kota paling intoleran sebab kabar seperti ditakutkan bisa merugikan atau bahkan berdampak ke aspek-aspek yang lebih sensitif untuk tiga kota di aceh yang di sebutkan di atas.
